巨大なフットボールアカデミー
アカデミーはトップチームを頂点としたピラミッド型で、頂点のトップを終身に小学校1年生から入れるスクール、小学校の選抜チームであるプライマリー、ジュニアユース（みなとみらい、追浜）、ユースで構成され、3,500人の巨大組織となっており、横浜地域で優勝な人材を発掘することができる環境が整っている。
ユース出身選手はプレイマリー出身選手の数は少なく、横浜と周辺地区のチームからジュニアユースに加入するケースが多い。一方でプライマリー経由でトップまで上りつめた選手も、GK榎本や日本代表の斎藤学、喜田など8名が現在も在籍している。
ユースの選手はみなとみらい（略称MM）と追浜の選手、一部スカウトの選手で構成される。スカウトの選手はトップチームと同じ寮生活になるケースがある。
マリノスタウンでの練習と試合ができる環境
練習は月曜日オフで、火曜日から金曜日は１８：３０から練習を行っている。週末はプリンスリーグを中心に各種大会、練習試合を実施している。練習場所はマリノスタウンやみなとみらいスポーツパークで駅からのアクセスが良く、トップと同じ練習場所で環境としても恵まれている。プリンスリーグの試合会場として、マリノスタウンや日産フィールド小机を使用するケースが多い。
マリノスカップでの強化
マリノスタウン完成を記念してユース世代の大会「マリノスカップ」を2007年より毎年3月に開催、東福岡、星稜、前橋育英、札幌U18、仙台ユースなど全国の強豪高校とユースチームを招待して強化に努めている。
マンチェスターシティとの業務提携
日産自動車が英プレミアリーグのマンチェスターシティを所有するシティ・グループの公式スポンサーになることで、ユースとの関係性も強化されている。2014年8月、ユース所属の和田昌士と松橋力蔵コーチが短期留学の実施され、今後ともユース選手の短期留学や海外遠征等の交流が期待されている。
